西暦2000年、南極大陸で行われた実験は、人類に壊滅的打撃を与えた。このカタストロフィを、人々はセカンド・インパクトと呼んだ。地球の地軸はねじ曲がり、世界人口は激減した。それから15年後、人類は再び試練の時を迎える。“使徒”と呼称される謎の巨大物体の出現、その使徒に対抗すべく暗躍する、特務機関ネルフ。その戦いの中心となったのは14歳の少年、碇シンジ。彼は、不安、不信、恐怖、怒り、そして果てしなき戦いの後に、孤独と絶望を知る。